Великая Отечественная война коснулась всех сфер жизни в советских республиках. Изменения затронули и судебную систему Киргизской ССР.
Первыми законодательными актами, определившими формы организационной перестройки судебных органов в условиях военного времени, были указы Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 года "О военном положении" и "Об утверждении Положения о военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий".
На военные трибуналы в период войны возлагалась задача борьбы с наиболее тяжкими преступлениями не только на фронте, но и в тылу: рассмотрение дел о самовольном уходе с предприятий военной промышленности, дел о лицах, уклоняющихся от всеобщего обязательного обучения военному делу, нарушителях воинского учета и т.д.
Кроме того, был принят ряд законодательных актов, направленных на обеспечение победы над врагом. С первых же дней войны вступили в действие предусмотренные в уголовном законодательстве нормы, усиливающие меры наказания за измену Родине, шпионаж, диверсию, антисоветскую агитацию, воинские преступления.
Возложенные на суды задачи выполнялись двумя судебными системами, действовавшими по единым принципам и в единых целях: военными трибуналами и общегражданскими судами.
В первые годы войны в Киргизии действовали 76 участков народных судов, 5 областных судов и Верховный суд республики. В январе 1942-го был организован Военный трибунал Фрунзенского гарнизона.
С первых же дней войны значительная часть судебных работников была призвана в Красную Армию. По этой причине, а также в связи с образованием новых участков народных судов создалось трудное положение, отмечался дефицит кадров. Главным резервом стали народные заседатели, показавшие свою пригодность по политическим и деловым качествам выполнять обязанности судей, а также выпускники двухгодичной юридической школы, Фрунзенского филиала Всесоюзного юридического заочного института (ВЮЗИ), практические работники, прошедшие подготовку на краткосрочных юридических курсах. На местах периодически организовывались семинары и собеседования с народными судьями по важнейшим вопросам материального и процессуального права и текущему законодательству.
В деле подготовки юридических кадров значительную роль сыграла Фрунзенская двухгодичная юридическая школа. В 1942 году в ней учились 50 человек, в большинстве женщины коренной национальности и участники Отечественной войны. Эта школа, несмотря на трудности военного времени, в какой-то мере восполняла недостаток кадров.
В составе судебных работников значительно повысилось количество женщин. Так, в Верховном суде их было 40 процентов, в областных судах – 33 процента. Также в числе народных судей 39 процентов стали представительницы прекрасного пола
Многие работники Верховного суда Киргизской ССР в период войны сражались в боях за Родину и участвовали в освобождении ряда европейских государств. В их числе члены Верховного суда Киргизской ССР: Анисимов Н.П., Бейшекеев С., Бобырев А.М., Воробьев Н.И., Воронцов Н.П., Галкин А.Т. Жусупов Д., Искабулов С.И., Игнатьев А.Г., Койчукулов А., Петухов Н.М., Рыжков Б.П., Субочев И.Т., Чокоев С.Ч., Шаменов К. и другие.