В Кыргызстане продолжают поступать жалобы на неформальные платежи в организациях здравоохранения и неэтичный маркетинг со стороны фармпоставщиков. Такая информация представлена в презентации министра здравоохранения Талантбека Батыралиева "Об основных итогах деятельности организаций здравоохранения республики за 2014 год и задачах на 2015 год".
Помимо этого, отмечается низкий уровень финансового, кадрового и лекарственного менеджмента в организациях здравоохранения.
Среди проблем системы здравоохранения также указаны низкий потенциал выпускников высших и средних профессиональных учебных заведений, низкая мотивация кадров системы здравоохранения, отток и дисбаланс кадрового обеспечения между селом и городом, старение врачебного персонала, острый дефицит анестезиологов, семейных врачей, неонатологов, финансовый разрыв Программы госгарантий и несовершенство механизмов финансирования медучреждений.